CIEDUR ha desarrollado convenios y acuerdos de trabajo  con distintos organismos nacionales,  el Ministerio de Desarrollo Social (MIDES), el Ministerio de Trabajo y Seguridad Social,  el Ministerio de Ganadería, Agricultura y Pesca, el Ministerio de Vivienda, Ordenamiento Territorial y Medio Ambiente, FESUR, el Instituto Nacional de la Mujer, el Instituto Nacional de Investigaciones Agropecuarias (INIA), Junta Nacional de Empleo, con gobiernos departamentales (Intendencia Municipal de Montevideo, Intendencia Municipal de Rocha, Intendencia Municipal de Colonia, otras). Asimismo, con diversas dependencias de la Universidad de la República (UDELAR), con la que el Centro tiene un convenio marco.  Con el sector privado, se han realizado proyectos y actividades tanto con gremiales empresariales (Asociación Cultivadores de Arroz, Comisión Nacional de Fomento Rural, Asociación Uruguaya por Siembra Directa, Central Cooperativa de Granos), como con organizaciones de trabajadores (la Central de Trabajadores del país -PIT/CNT- y sindicatos específicos), y con otras organizaciones sociales.

Numerosas instituciones extranjeras e internacionales  han cooperado con las actividades de CIEDUR a lo largo de estos años. Entre ellas, NOVIB (Holanda), DOEN (Holanda), ICCO (Holanda), SAREC (Suecia), Centro Olof Palme (Suecia), OXFAM (Bélgica), CCFD (Francia), Fundación F. Ebert (Alemania), Cooperación de la Unión Europea, WIDE (Unión Europea), Universidad Católica de Lovaina (Bélgica), IDRC (Canadá), Desarrollo y Paz (Canadá), IAF (USA), Fundación Ford (USA), OEA, CLACSO, PISPAL, FLACSO, BID, PROCISUR, OIT, FAO, PNUD, UNIFEM, PNUMA, ACTION AID, Universidad para la Paz de las Naciones Unidas, el Instituto Interamericano de Cooperación para la Agricultura (IICA-OEA), PROCISUR, Fondo Canadá (Embajada de Canadá en Uruguay), Embajada de Australia.